Das Institut für Physikalische Chemie und Kolloidchemie erhielt im Jahr 1952 nach der Emeritierung von Prof. Wintgen Prof. Gerhard Schmid als neuen Leiter.

1953 übernahm das Land Nordrhein-Westfalen die Universität einschließlich aller Institute von der Stadt Köln, die noch bis 1960 50 % der laufenden Kosten trug. Erst seit 1965 ist die Universität zu Köln eine reine Landesuniversität.

1955 spaltete sich aus der Philosophischen Fakultät die neu entstandene Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät ab, der auch das Chemische Institut und das Institut für Physikalische Chemie und Kolloidchemie angehörten. Das 1958 gegründete Institut für Kernchemie bestand bis zur Emeritierung seines Leiters, Prof. Wilfried Herr, und wurde 1985 in die Abteilung Nuklearchemie am Institut für Biochemie umgewandelt.

Drei Jahre nach dem Tod von Prof. Alder wurde 1961 das Chemische Institut in die Institute für Organische Chemie (Direktor: Prof. Emanuel Vogel) und Anorganische Chemie (Direktor: Prof. Franz Fehér) geteilt. Das seit 1948 bestehende Institut für Gärungswissenschaften ging 1963 im neuen Institut für Biochemie (Direktor: Prof. Lothar Jaenicke) auf. Das Institutsgebäude lag bis April 1996 an der Bottmühle in der Kölner Südstadt und damit einige Kilometer vom Universitätszentrum entfernt.

Das Institut für Physikalische Chemie erhielt 1970 zwei Lehrstühle (Direktoren: Profs. Dieter Hummel und Dietrich Woermann). Die entsprechende Erweiterung wurde auch im Institut für Organische Chemie durchgeführt (Direktoren: Profs. Emanuel Vogel und Herbert Budzikiewicz), das 1973 noch den Lehrstuhl für Theoretische Chemie (Direktor: Prof. Georg Hohlneicher) erhielt. Nach der Emeritierung von Prof. Franz Fehér wurde das Institut für Anorganische Chemie ab 1971 kollegial von drei Lehrstuhlinhabern geleitet (Direktoren: Profs. Hans Uwe Schuster, Marianne Baudler und Thomas Kruck).

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